- 軟體名稱：Cytoscape
- 授權類型：免費軟體
- 支援語系：英文
- 支援系統：Windows,Mac,Linux
- 官方網站：Cytoscape
Cytoscape 下載 (Windows 64bit)
Cytoscape 下載 (Mac,Intel 晶片)
Cytoscape 下載 (Mac,Apple 晶片)
Cytoscape 下載 (Linux)
Cytoscape 是一個強大的開源網絡視覺化與分析工具，廣泛用於生物資訊學（如基因、蛋白質互作網路）、社會網路分析等領域。以下是為初學者整理的 Cytoscape 教學指南：
🧠 Cytoscape 是什麼？
- Cytoscape 可以用來繪製、視覺化與分析網絡（Network）資料。
- 節點（Nodes）：代表實體（如基因、蛋白質、人）
- 邊（Edges）：代表關係或互動（如相互作用、合作、通訊）
💻 1. 安裝 Cytoscape
✅ 安裝步驟：
- 前往官網下載：
🔗 https://cytoscape.org/ - 選擇作業系統（Windows / macOS / Linux）
- 安裝並開啟程式（啟動時會自動啟動 Java）
📂 2. 匯入資料
方法一：從檔案匯入（例如 CSV 或 Excel）
- 點選上方選單：
File → Import → Network from File - 選擇你的邊列表（edges list，例如：source,target,interaction）
- 如果有屬性資料（節點屬性），可用
Import → Table → Node Table from File
方法二：使用內建範例
- 開啟 Cytoscape
- 在首頁選擇
Sample Networks，即可載入內建網絡
🔧 3. 網絡視覺化基礎操作
常見功能：
| 功能 | 操作方式 |
|---|---|
| 移動畫面 | 滑鼠右鍵拖曳 |
| 放大/縮小 | 滾輪滾動 |
| 選擇節點 | 滑鼠點選或框選 |
| 修改顯示樣式 | 點選 Style 分頁，可變更顏色、大小、字型等 |
| 自動佈局（排列網絡） | 選單：Layout → 選擇一種算法（如 Spring-Embedded、Circular） |
🎨 4. 視覺樣式設計（Style）
可以根據節點屬性設計樣式，例如：
- 根據「表現量」改變節點顏色
- 根據「分類」改變節點形狀
- 根據「互作強度」改變邊粗細
操作步驟：
- 點選右側
Style面板 - 選擇屬性（如 Expression）
- 設定對應視覺元素（如顏色或大小）
📊 5. 網絡分析（Network Analysis）
- 選單：
Tools → Network Analyzer → Analyze Network - 可得：
- 節點度數（Degree）
- 聚類係數（Clustering Coefficient）
- 連通分量（Connected Components）
👉 適合找出關鍵節點（如 hub genes）
🔌 6. 安裝與使用 App（擴充模組）
Cytoscape 有大量 App 插件 可供擴充功能：
常用 App：
| App 名稱 | 功能說明 |
|---|---|
| stringApp | 從 STRING 資料庫匯入蛋白質互作資料 |
| ClueGO | 功能性富集分析 |
| cyREST | 與 Python/R 整合 |
| EnrichmentMap | GO/KEGG 富集分析視覺化 |
安裝方式：
- 選單：
Apps → App Manager - 搜尋並安裝需要的 App
🧪 7. 與其他程式整合
- 可搭配 R (RCy3 套件) 或 Python (py2cytoscape) 使用
- 支援自動化網絡繪圖、批次分析
📌 小提醒
- Cytoscape 資料結構以節點表 + 邊表為核心，初學者可多練習小型資料進行視覺化。
- 對於生物資料分析，建議配合 外部資源（如 UniProt、STRING、BioGRID），可快速建立有意義的網絡。
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